清政府和洋人打了好几个回合的交道后，最后被迫同意在租界会审公廨公开审理苏报案。得知这个消息，清朝官员心里叫苦不已。
清末的法制与西方存在着巨大的差异。西方法庭要求程序公开透明，指控、辩论和举证过程都要向老百姓和媒体公开，这让清朝官员很不习惯。之前，清朝官员的司法权极大，既是警察又是检察官，还是法官，没有律师，没有监督，自由操作的空间非常大。暗箱操作，对清朝官员来说，太简单，太寻常了。所以，在黑暗中待的时间长了，走到阳光下面来，反而不习惯了。面对公开审讯，清朝官员想到的第一招就是抢人。把人抢到自己的地盘上，按照自己的方法来审判，一切就好办了。
于是，就出现了开头租界会审公廨7月15日第一次公审章太炎等人的场景。当时，清朝官员知道，按照西方程序来办太慢，太麻烦，而且判决结果还不一定有利于清政府，他们还是想把案犯从租界劫出来。之前，这六个人被关押在巡捕房，清政府不好去劫狱。第一次公开审讯，要把案犯从巡捕房转移到法庭。袁树勋就安排了五百名官兵，潜伏进租界，想半路把章太炎、邹容等人劫走。
工部局想到清朝官员会来这一手，做好了防止劫狱的准备。巡捕房用马车转移犯人，每个犯人坐一辆车，每辆车有一个英国巡捕陪坐，同时马车外面还有一个英国巡捕跨辕，也就是抓着马车，贴在马车车身上随行。此外，车队外围有好多巡捕全副武装，防止劫狱。在车队经过的街巷隘口，也都有巡捕把守。因为巡捕房防范严密，袁树勋劫人的阴谋没有实现。
劫狱失败后，清政府没有选择，只好老老实实准备庭审了。
审讯正式开始。第一天的庭审内容主要是确认犯人身份和初步的陈述。第一位被告程吉甫是《苏报》报社的账房，在法庭上他供称自己在报社只管广告，不负责内容，更不管言论。第二位被告钱宝仁在法庭上说自己只是报馆普通员工。第三位被告陈仲彝是《苏报》老板陈范的儿子，之所以抓他，和中国人“父债子偿”的观念有很大关系。陈范虽然跑了，但他涉及的是大逆不道的罪名，是要株连家族的，所以儿子陈仲彝也有罪，他就这样被抓了。陈仲彝在法庭上供称自己与苏报案没有关系，自己既不是《苏报》的职员，也没有在《苏报》上发表文章，与本案没有直接关系。工部局从一开始也觉得抓捕陈仲彝非常不合适。在法庭上，法官问陈仲彝：“你能不能代替父亲受罪？”陈仲彝回答：“不能。”审问这三个人后，法庭认为程吉甫、钱宝仁、陈仲彝三个人和《苏报》激进言论没有关系，就无条件释放了。
第四位被告龙积之，虽然与此案关系不大，但是涉嫌参与自立军起义。所以，对他的处理结果是“取保暂释”。他在缴纳了保证金后，也被释放了，之后再也没有被捕，实际上等同于无罪释放了。
本次庭审的关键是审讯章太炎和邹容。面对第一次公审，章太炎、邹容并不太懂得保护自己，不太会和清政府周旋。章太炎毫不掩饰地承认自己是《驳康有为论革命书》的作者，说自己看到康有为写文章反对革命，袒护政府，不同意他的观点，所以写了这篇文章驳斥他。这就等于承认了原告对他的指控。那么现在，我们就要说到本案的一个关键问题：罪名。
按照西方司法程序，原告提出诉讼，必须师出有名。你要告对方什么？这一点，就让清政府犯了难。苏报案本质上是媒体言论自由的问题，因为当时清朝并没有新闻出版法，也就没有起诉的罪名。清朝官员和幕僚们寻章摘句，找到了大清律中与本案最相关的内容是《刑律·盗贼类》之中的“造妖书妖言”一条。这条律法的内容是：“凡造谶纬妖书妖言，及传用惑众者，皆斩。若私有妖书，隐藏不送官者，杖一百，徒三年。”
清朝官员想以“造妖书妖言”的罪名起诉章太炎等六人。但是，他们转念一想，觉得这都什么年代了，把“妖书妖言”拿到租界公堂上，估计会让洋人和媒体笑话，不利于打赢官司。所以，清政府在表述上做了一些调整，把指控的罪名定为：“任意污蔑今上，排诋政府，大逆不道，欲使国民仇视今上，痛恨政府，心怀叵测，谋为不轨。”其中，清朝政府最重要的一项证据就是章太炎在文章中写的“载小丑”四个字，触犯圣讳。针对这个指控，章太炎轻蔑地回答：“我只知清帝乃满人，不知所谓圣讳。”小丑两个字，章太炎解释成是“类”字或“小孩子”。章太炎还说，自己只是《苏报》的一个作者，《苏报》的言论和自己没有关系。当然，章太炎在法庭上也说了比较激进的话，比如他说自己“不认野蛮政府”。
邹容在法庭上说自己对清朝的专政非常不满，所以写了《革命军》。对于其他的，邹容什么也不说。
简单的陈述完毕，第一次公审就宣告休庭。章太炎、邹容两人被继续关押，等待接下来的审讯和法庭辩论。当时有许多租界的老百姓涌到法庭外的街道两旁观看。章太炎、邹容乘马车回巡捕房，围观的人几乎堵塞了道路。章太炎情绪高亢，朗诵“风吹枷锁满城香，街市争看员外郎”的诗句，像英雄凯旋一样。
按照清朝的司法制度，案犯只要对案情供认不讳，就可以给他定罪判刑了。很多清朝官员觉得，章太炎、邹容已经承认自己写了大逆不道的文章，完全可以判决死刑了，根本不需要再审了。但是，西方司法制度不重口供，重证据，充分保护案犯的权益。会审公廨的司法程序显然不合清朝官员的心意。所以，第一次公审结束后，清政府决定另辟蹊径，找办法惩办章太炎、邹容。
清政府想到的办法就是拖，然后背后去进行外交交涉，企图绕开法庭审讯。
于是，7月21日会审公廨第二次公审苏报案的时候，原告律师一开始就指出，本案“另有交涉”，要求暂停审讯，改期进行。法庭批准了。
面对不利局面，被告律师博易还是尽量做出努力，他抓住原告的身份问题，对清政府做出回击。被告律师问道：“现在原告到底是谁？是中国政府呢，还是江苏巡抚，或者是上海道台？”在场的清朝官员没有明白被告律师这么问的深层含义，就回答说这次审判是“奉旨”办理。这一回答正中被告律师的下怀。既然是“奉旨”，那么也就是来自皇帝的圣旨，也就是意味着皇帝要打官司，皇帝是原告了。博易不愧是一个优秀的律师，他立刻抓住清朝官员的疏忽：“堂堂的朝廷，和自己管辖下的小老百姓，在最低级的法庭上打官司，最后还要接受低级官员的裁判。这不是一个笑话吗？”这一句话，狠狠地扇了清政府一个耳光。在场的清朝官员听了，无言以对。
在这里简单解释一下，为什么说这次庭审的法庭是中国最低级的法庭。在清朝，最低级的政权是县衙门，当时上海只是一个县，上海租界的会审公廨是上海县的派出司法机构，直接审判苏报案的是上海知县，所以被告律师说苏报案是皇帝和老百姓在最低级的法庭打官司，受低级官员的裁判。
案件延期审理，清政府开始了外交交涉。清政府还是希望通过外交渠道，把苏报案的犯人转移到自己的手上来。上海租界工部局不是拒绝移交犯人嘛，那好，我不和你打交道，我直接找你上级的上级，也就是各国驻华公使！于是，北京的总理衙门给各国驻华公使团写信，要求移交章太炎等人。多数国家的公使对于这件事情没有明确的态度，交或者不交他们都无所谓，关键是看英国，因为英国是当时世界的头号强国，在中国力量最强，又实际控制着上海租界。所以，英国公使的态度至关重要。
清朝这次走的是上层路线，相当高端，由负责总理衙门事务的庆亲王奕，给英国参赞署理公使焘讷里写信，要求交人。清政府的依据是中英《天津条约》第二十一款和《上海洋泾浜设官会审章程》。其中，中英《天津条约》第二十一款规定：“中国民人因犯法逃在香港或潜住英国船中者，中国官照会英国官访查严拿，查明实系罪犯交出。通商各口倘有中国犯罪民人潜匿英国船中房屋，一经中国官员照会，领事官即行交出，不得隐匿袒庇。”《上海洋泾浜设官会审章程》第二条规定：“凡遇案件牵涉洋人必应到岸者，必须领事官会同委员审问，或派洋官会审；若案情只系中国人，并无洋人在内，即听中国委员自行讯断，各国领事馆毋庸干涉。”所以，中国政府认为，租界扣留案犯没有法律依据，英国应该交出苏报案犯人。
英国代理驻华公使焘讷里请示本国外交部，这件事情到底怎么办？英国外交大臣兰斯多恩侯爵接到驻华公使的电报后，倾向于把章太炎等人移交给清政府，他不想因为苏报案影响了中英两国的关系。但是，兰斯多恩侯爵很怀疑犯人能否得到公正的审判，所以他希望清政府能够保证不对案犯施加酷刑。可见，外交大臣总体上倾向于交出犯人，只是在细节问题上有所犹豫。
按照程序，兰斯多恩侯爵把这件事情的材料转给了皇家法院，请法官们提供意见。估计走完这个程序，英国外交部指示把章太炎等人移交给清政府的可能性很大。章太炎、邹容的命运堪忧啊！
就在这个节骨眼上，发生了一件事情，扭转了整个局面。这就是骇人听闻的“沈荩事件”。
1903年7月19日，中国记者沈荩遭到告密，在北京被捕，31日被慈禧太后下令在监狱中“杖毙”。此事经海内外媒体报道后，举世震惊。舆论普遍认为，沈荩是因为向日本报纸披露了《中俄密约》，揭露了清政府的秘密外交，被清政府秘密逮捕，没有经过审判，就被活活打死了。
上海的英文报纸《字林西报》发表文章，详细描述了沈荩被杖毙的细节，读起来令人毛骨悚然：
“圣旨最终下发，不是将沈荩处决，甚至也不是凌迟处死，而是在狱中杖毙。没有哪种生灵会被如此严惩，但在刑部却并不缺少这样的惩罚。可怕的刑罚在四点钟开始执行，在此后的两个小时里，钝竹条像雨点一样落在可怜的犯人的四肢和背上，直至鲜血淋漓，但是犯人还没有死。他痛苦万分，请求行刑者速将其勒死，最终采取了类似的办法。直到夜幕降临，血肉模糊的身体才停止了颤动。”
事件披露后，清政府成了众矢之的，尤其是洋人舆论一致谴责清政府。舆论很自然就把沈荩事件和苏报案联系了起来，转向同情章太炎、邹容，反对移交。美国《纽约时报》评论：“不移交苏报案被关押者……充其量不过是没有与中国政府合谋屠杀主张改革的进步人士。”
租界工部局更是强烈反对移交，他们致函北京公使团，认为“未经审判并证明有罪，本地居民不能够被逮捕或被带离租界”，如果那么做会威胁租界的持续繁荣和安全。为了尽快结束这个案子，工部局还威胁，如果上面长期不能形成共识，巡捕房就要先释放章太炎、邹容，等审判时间定下来了再把他们俩抓回来。
在巨大的舆论压力下，英国政府的态度发生了转变。8月4日，英国皇家法院向清政府递交了一份报告，认为英国政府不应该向清政府移交苏报案犯人，理由是，之前上海道台和领事团有协议，答应在租界内审判苏报案。所以，苏报案必须在租界内审判，不能移交给清政府。
第二天，在英国下议院听证会上，有议员特别提到了苏报案，询问英国政府在移交章太炎等犯人的问题上，是不是已经有结论了？英国首相贝尔福回答：“已经电令驻北京公使阁下，根据英国政府的意见，不能引渡被关押者。”这立刻成了英国政府的官方态度。
1903年8月12日，外交大臣兰斯多恩侯爵给驻华公使焘讷里发电报，命令他：“如果要求工部局移交被关押者，你应该支持他们拒绝移交。考虑到最近在北京实施的野蛮处决，与道台达成的协议已构成拒绝移交的充分理由，我们不能容忍将苏报案被关押者移交给清朝政府。”
有了英国方面的明确态度，北京公使团很快达成共识，拒绝向清政府移交苏报案案犯。上海领事团依据北京公使团的决议，致函两江总督魏光焘，拒绝交出苏报案被关押者。庆亲王奕、两江总督魏光焘等人都强烈反对，但是没有用，洋人就是不交。
高层交涉不成，清朝官员只好乖乖地回到法庭上来。苏报案进入了下一步法庭交锋，在这一过程中，中西法律观念激烈碰撞，在中国法制史乃至近代历史上都留下了深刻的印记。