清流党人扳倒了军机大臣王文韶，此后案子审讯非常顺利，相关人等都交代了各自的罪行。负责此案审讯的官员，调集了天顺祥、百川通等银号的账簿，又清查了崔尊彝、潘英章的收支，结果发现了新问题。什么问题呢？办案人员在账目中发现了很多列为“别敬”“赠敬”“炭敬”“节敬”之类的款项支出。这些支出都列出了对象，支出对象绝大多数是京城各部院的官员，少数是近期在北京办事的地方官员，涉及的人数很多。而支付给这些官员的款项，很难分辨是崔尊彝、潘英章的私人钱财，还是他们挪用的云南省的官银。怎么处理这件事情呢？
这里需要解释一下这些以“敬”为名的支出。所谓的“敬”，就是送礼。清朝的官员，因为血缘、地域、科举、同僚等关系，被编织在一张张的人际关系网络中。比如，官员主持一个省的科举考试，那么他录取的所有举人在名义上都是他的门生，与他有师生之谊。以后过年过节，门生都要给老师送钱送物。门生当官后，和老师见面，也要问候送礼。此外，地方官员要定期向京城官员送土特产，送金银财宝，这些礼都有好听的名字，比如冬天送礼，可以说是送取暖费，叫“炭敬”；过年过节送钱，叫“节敬”；地方官员离京返回地方，告别送钱，叫“别敬”。实在想不出名义的，还可以叫“赠敬”。
这些钱，有些还可以算是礼尚往来，但是大多数已经超过了正常人际交往的范畴，过于频繁，金额也太大了，已经涉嫌行贿受贿了。但是，官员不送钱不行，不送就会被官僚集团孤立，难以获取信息，办事情找不到帮手。最后闹到，一些囊中羞涩的地方官员，不敢到北京办事，担心到了北京会被扒掉好几层皮。
情况反馈到主审的几位官员那里，亲王奕誴认为这是行贿受贿，主张对此展开严厉追查，处理所有涉案的官员。以翁同为代表的其他主审官员，包括麟书、阎敬铭等人，一致反对，他们说这些都是京内外官员相互的馈赠，而且千百年来官僚集团都是这么往来的，不能当作是贿赂。
亲王坚持把这些敬礼当作贿赂，是有特定的制度原因的。清朝的宗藩制度规定，严禁宗室亲王和外朝官员相互往来，目的是为了防止宗室王爷们培植个人势力，危害皇权。所以，宗室王爷和官员们互通书信，相互馈赠，都是违法的，双方都是要受到惩处的。因此，没有官员给亲王送过任何敬礼，亲王对官场的送礼馈赠风气也没有直观的感受。他完全可以站在道德的制高点，要求一查到底。
但是，翁同等人的情况恰恰相反。他们是官僚集团的一分子，接受过许多馈赠和敬礼，自己也送出了很多的金银礼品。如果把这些行为当作行贿受贿，深究起来，他们每个人都是犯罪分子。就比如翁同，他录取了不少门生，接受了门生们的许多馈赠和孝敬，如果按照亲王的思路办理，那他翁同不就成了接受巨额贿赂的腐败分子了吗？
所以，翁同明确反对追究云南报销案中的馈赠和礼品情况，把案情局限在报销事务上。私底下，翁同也多次拉拢亲王，向他晓之以理、动之以情，说明当时官场的实际情况，希望亲王不要追究那些礼金支出。但是，亲王奕誴就是不同意，他是出了名的犟脾气，顽固得很。当年，他就因为这个脾气很不讨父皇道光皇帝的喜欢，被早早地排除在皇位候选人的名单之外了。如今，亲王奕誴在此案横生出来的礼金问题上也是一根筋，坚持要追究。翁同在日记中记载，自己对他是“虽百方开譬，终执不可移”，不禁感叹“晓事之难”。
翁同等人和亲王奕誴的另外一个矛盾是云南方面还没有支付的三万两银子的性质认定问题。潘英章供认已经支付给孙家穆等人五万两银子，还没有支付的三万两银子是要送给户部承办官员及经手书吏的，并不是要送给王文韶和景廉的。孙家穆也供认，王文韶和景廉并没有参与贿赂款项的分配。因此，翁同等人认为，王文韶其实并没有收受贿赂。但是，奕誴认为，这预留的三万两银子，是要在事成之后送给王文韶等人的。
怎么解决两人之间的矛盾？翁同觉得解决不了。他就召集参与审讯的其他官员，在自己家里召开小会，孤立亲王奕誴。
在翁同家中开会的，有奉旨查办云南报销案的刑部尚书麟书、户部尚书阎敬铭，原刑部尚书潘祖荫丁忧后，张之万继任，他也参加了会审，此外还有刑部左侍郎薛允升。这五位大臣一致同意限制云南报销案追究的范围，严格按律治罪。刑部左侍郎薛允升在刑部任职十多年，精通刑名，其他四个大臣就推举他来草拟最后的结案奏折。拟好草稿，大家传阅后，再找奕誴商量。亲王看了定罪草稿后认为判得太轻。同时，他坚持认定留在银号的三万多两银子是留着送给王文韶和景廉的，虽然他们没有拿到银子，但是也要受到惩处。
最后，翁同、麟书、阎敬铭、张之万、薛允升会同亲王，在刑部提讯云南报销案的全部人犯，让他们过堂画押。云南报销案，在翁同等人的主审下，得出了一个官方版本的案情。
崔尊彝、潘英章两人为了报销云南省积压多年的军需收支及年例奏销款项，担心户部经办人员从中作梗，利用朋友关系找到太常寺卿周瑞清，请他从中疏通关系，又找到潘英章的朋友、户部主事龙继栋，请他与负责报销事务的主稿主事孙家穆沟通。崔尊彝拿出八万两作为疏通各户部、工部、兵部关节的部费，首付五万，事成再给三万。五万银子中，周瑞清留下了五千两，孙家穆拿到四万五千两后，自己留下七千两，又预留六千两准备分配给兵部官吏，其余都分配给了户部、工部各司官吏，这些款项都经天顺祥、乾盛亨等银号汇兑变现。
专案组还明确了两个问题。第一是，云南报销的财务清册，合法合规，并没有虚报乱报的问题。也就是说，按照正常的财务流程，云南省不送礼行贿，相关部门也会按照正常的程序把云南的款项给报销了。原本应该办理的手续，云南地方官员送了钱，户部收钱后通过了报销；工部审计通过但还没有上奏；兵部因为云南省没有事先造册，给予驳回。
第二个问题是，云南报销清册中的经费支出所列款项都符合规定，崔尊彝等人用于行贿的银子并没有列入军费中报销。那么，这笔行贿的银子是从哪里来的呢？审查发现，行贿银十万余两，都是从云南省捐纳款项的结余里面提取的，属于官银。崔尊彝用了其中的八万多两，将剩余公款二万多两侵吞了，潘英章则侵吞了一千多两。
在定案的最后时刻，亲王奕誴还想把馈赠送礼的所有官员的名单报上去，翁同等人不同意。翁同说：“王爷把这些人奏报上去，是要问罪呢，还是不问罪呢？”亲王在关键时刻退缩了，说：“不问罪。”翁同说：“既然王爷不打算追究这些人的罪，为什么还要报告上去呢？不如等我们面奏的时候一起提一下。”经过翁同等人再三劝解，亲王才最终同意了定案结论。
慈禧太后接到报告后，召见了亲王、翁同、阎敬铭等六人。慈禧隔着帘子问道：“云南报销案如何？”
阎敬铭代表大家回答说：“案内不敢一字遗，案外不敢一字牵涉。”他这个回答，其实给全案定了办事的基本原则，就是局限在因为报销引起的行贿受贿内，不牵涉更多的人和事。在这一范围内的，严格依法办事；不在这一范围内的，一概不问。
慈禧说：“案外的事情，原来就不必牵连。”她肯定了大家的办案原则后，又问：“此案罪名如何？”阎敬铭简单汇报了基本情况。慈禧说：“国家多故，天子幼冲，而执法官员敢于舞弊至此。你们这么办，没有轻纵相关罪犯吧？”这时候，亲王奕誴动了一下，慈禧马上问他：“王，你有话尽管说。”
奕誴就说：“潘祖荫在丁忧之前，定下了退赃减罪的意见，告诉了几位大人。几位大人就是根据潘的意见，从轻发落罪犯的。”
翁同赶紧接上话：“潘祖荫已经去位，即便他不去位，此案也不是他一人所能主持的。”
奕誴又挑起话题，说：“今日须遵旨严办。”当时，翁同等人先递上的是对军机大臣景廉的处理意见，建议对景廉从轻发落，所以奕誴才有这样的说法。
翁同回击说：“现在没有降旨严办，就算是有旨要求严办，也要依照律例，怎么能畸轻畸重？律例是祖宗成法，国家宪章。嘉庆年间就有对类似犯罪从轻发落的先例。只要不枉法，他们的行为都是可以原谅的。”
慈禧听出翁同话中有话，让他把枉法不枉法的情况进行详细说明。翁同举了之前同类案件的处理意见。慈禧表示明白了。
亲王奕誴不死心，又说：“太后垂帘办事，若轻纵，将来皇上亲政时，必有议论。”
翁同抓住他这句话，说：“亲王失言，太后帘听以来，事事秉公处理，此案也斟酌详审，将来会有什么议论？”慈禧也说：“我也不想从重处理，只需要按律例办理。”翁同等人回答：“无一字非律例。”翁同紧接着对奕誴说：“意见不同须先讨论，数日来亲王与臣见面，从未议及罪名，今天怎么说意见不同呢？”慈禧也对亲王说：“你应该学学律例，讲解明白，再与诸位大臣商量。”
奕誴委屈地说：“事情应该在太后和皇上面前商定，否则我一人难敌五嘴。”为了给自己台阶下，奕誴说，“可否将律本所引一一签出，请上阅定，再最终决定？”慈禧同意，翁同等人也同意。云南报销案的处理意见就这么定下来了。
光绪九年六月二十二日，吏部奏上云南报销案议处。
太常寺卿周瑞清、户部主事孙家穆都革职，赔赃，也就是退还赃款，两人都发往黑龙江效力赎罪。周瑞清借口老母亲年迈，自己又是独子，请求留养老母，没有得到批准，最终还是被流放到了黑龙江。云南永昌知府潘英章、户部主事龙继栋、御史李郁华都革职，流放军台效力赎罪。户部云南司员外郎福祉，对云南报销事项不闻不问，事后分得四千两赃银，革职，流放军台效力赎罪。户部云南司主事崔澄寰、周颂以及工部相关官员，从孙家穆处分得数百两赃银，一并革职。接受贿赂的相关书吏，全部杖责一百，流放三千里。
此案因为有领导责任，受到惩处的高官很多。王文韶、景廉和吏部侍郎奎润、前任户部尚书董恂，都降二级调用；云贵总督刘长佑、云南巡抚杜瑞联，都降三级调用；工部尚书翁同，因为失察罚俸九个月，鉴于他并未受赃，且办案有功，准其功过抵消。另外，军机大臣景廉虽然受罚，但没有受贿，保留军机大臣的职务。
此事的始作俑者崔尊彝，因为已经去世，免于重罚，但勒令他的家人退还二万多两公款。如不能足额清退，即行查抄家产。
应该说，云南报销案最终的处理还是比较严厉的，对遏制当时部费横飞、贪污成风的风气也有一定的作用。此案更大的历史意义在于，它是晚清党争的一个重要事件，对最高权力结构的消长产生了直接的推动作用。虽然以李鸿藻和清流派为代表的北派官僚借此案获得了实际利益，但慈禧太后对此看得非常清楚，她不会让任何一个官僚派系长期保持优势。很快，慈禧就借助中法战争，斥退了以恭亲王奕为首的整个军机处班子，并把清流派骨干陆续派往前线或者地方，用一个个实际难题压制了清流党人。阎敬铭很快也进入了军机处，但因为在修建颐和园问题上反对慈禧挪用款项，遭到罢免；翁同一度在军机处顺风顺水，在戊戌变法前被勒令退休。王文韶六年后东山再起，出任云贵总督，戊戌年再次进入军机处。云南报销案给他的教训是，要处世圆滑，趋利避害，明哲保身。正因为如此，王文韶在此案的众多出场人物中，挺立在政坛的时间最长，并且得到了“琉璃蛋”的绰号。