江苏核查官员李毓昌调查清楚了山阳县知县王伸汉等人在救灾过程中贪污救灾款的罪行，准备检举揭发，结果被王伸汉买通长随李祥等人杀死。之后，王伸汉在淮安知府王毂等人的配合下，将李毓昌之死以自缢身亡上报。相关人等在刑部的审讯之下，对罪行供认不讳。嘉庆皇帝接到报告后极为震惊，痛骂江苏省吏治败坏至极，江苏各级官员丧尽天良。
嘉庆皇帝决心把此案当作反腐运动的典型。他首先颁发圣旨，命令两江总督铁保、江苏巡抚汪日章自行议罪，就是让他们自己给自己定罪，同时，摘去汪日章的顶戴。一场规模空前的大追责、大查办即将在江苏省展开。
没想到这个时候，两江总督铁保却自投罗网。铁保原来和李毓昌案关系不大，却因为没有认清局势，成了遭受严厉惩处的第一人。
当时，涉案人犯已经在北京认罪。铁保并不清楚刑部审讯的进度，还糊里糊涂地上奏说：“此事尚毫无端倪，容再加体访具奏。”他还提出了几个疑问，表达了自己对李毓昌案的怀疑。首先，铁保指出李毓昌的遗孀林氏说丈夫给自己托梦，认为这是铺叙鬼神之词，把它作为破案依据很不严肃。其次，铁保在江苏也展开了所谓的调查。但是他把调查的重点放在李毓昌当天夜里在王伸汉那里赴宴的事情上，他认为王伸汉家的厨师有重大嫌疑。
铁保是两朝元老、封疆大吏，资历很深，本来与李毓昌案并没有太大关系，只需要对李毓昌的死承担领导无方的责任。但是他的奏折显示出他在袒护江苏当地官员，而且抓不住案件侦破的重点，暴露出他平时工作漫不经心，作风懒散。铁保在不恰当的时候递上了一份不恰当的奏折，激怒了嘉庆皇帝，他看到铁保的奏折，第一感觉是：“有这样的糊涂总督，难怪江南腐败成风！”
于是，嘉庆决定拿铁保开刀，杀一儆百。他颁布了一道圣旨，毫不客气地批评铁保“糊涂至极”：“自补放该职以来，不能详慎精勤而怠情玩忽，办河工则河工日见颓坏，讲吏治则吏治日见废弛，且听任所属之职员藐视法纪，贪戾残忍，己却醉生梦死，实不胜封疆重任，着令革职，发往乌鲁木齐效力赎罪。”铁保就这么不光彩地被推出了政治舞台。
铁保的命运决定了李毓昌案不会草率结案。嘉庆皇帝紧接着处置了江苏省的其他官员。嘉庆斥责江苏巡抚汪日章：“身为巡抚，所属有此等巨案却全无察觉，如同聋聩，尚不至如铁保之固执谬见，但已属年老无能，着令革职回籍。”
江宁布政使杨负责救灾办赈，不但查不出王伸汉冒领赈银，就连查赈官员被害也浑然不觉，罪责比巡抚要重得多，“本应革职，但姑念其平日尚属实心，着令降留河工效力”。杨受到了降级的处分，被发配到河工系统戴罪立功。
江宁按察使胡克家对现任官员暴毙的重案，没有详细复核查验就草草结案，实属渎职，“着令革职，留河工效力以观后效”。
此案最终查明王伸汉侵吞了赈银两万三千两，其中一万两银子被王伸汉用来上下打点。嘉庆要求查抄王伸汉的家产。他的家产不足贪污数额部分，均由铁保、汪日章、杨、胡克家四人“摊赔”。清朝官员对由自己造成的财政亏空，要自己拿钱补上缺口，这叫作“赔补”。对于没有办法确认财政缺口的，由相关官员分摊赔补，这叫作“摊赔”。
下一个被查办的官员是淮扬道道台叶观潮，叶观潮对山阳县虚报户口、侵吞赈银、杀人灭口之事一无所知，对辖区内的重大事件失察，难辞其咎。也许是因为清朝的道是一个比较虚的行政区划，嘉庆皇帝对叶观潮的处分并不太严厉，只是给予革职留任的处分。
淮安知府王毂之前就收受王伸汉的贿赂，李毓昌被害后，他又收受王伸汉贿银两千两，对王伸汉的一系列罪行不管不问，情节严重。刑部一开始是依照“盗仓库钱粮一千两以上”的律例，拟判王毂“斩监候”，也就是斩首、缓期执行。嘉庆接到判决后，非常不满。清朝死缓判决需要经过秋审环节。在秋审的时候再决定是归入“情实”立即执行，还是继续归入其他情况，然后不是释放就是继续羁押。总之，死缓判决大多数都死不了。嘉庆皇帝对王毂的判决批复道：“何必稽延时日，着改为‘绞立决’，即派刑部侍郎秦瀛监视行刑。”嘉庆觉得王毂的死刑就不要等到秋审了，他迟早会判死刑的，所以，何必拖延时间呢。嘉庆命令刑部直接派官员把王毂押去执行死刑。
李毓昌案起源于查赈。此次苏北水灾，江苏省一共委派了同知林永升、候补知县李毓昌、府知事余清扬、州同龚国及谢为林、教谕章家、县丞张为栋、训导言廷璜、典史吕时雨及从九品官员温南峰、黄由贤等十一人查赈。其中，林永生是负责人，名为总查。除了李毓昌外的十名调查官员，总查林永升，受贿一千两，按“盗仓库钱粮一千两”律例，被判以革职，杖一百，流放四千里。嘉庆皇帝也觉得太轻了，下令改为革职，杖一百，发往乌鲁木齐效力赎罪。典史吕时雨，受贿九百两，从九品温南峰，受贿七百五十两，都按“盗仓库钱粮六百六十两”律例，被判以革职，杖一百，流放三千五百里。训导言廷璜、县丞张为栋，各受贿三百两，府知事余清扬受贿二百两，按“盗仓库钱粮一百两以上至三百三十两”律例，被判以革职，杖一百，流放两千里。以上几人都附加抄没家产。
教谕章家，和李毓昌一样，洁身自好，没有接受贿赂，在查赈过程中认真办事。调查中没有发现章家的罪行。嘉庆皇帝得到报告后，总算是得到了一点安慰。嘉庆皇帝认为章家璘“吏风堪为可嘉”，提拔他为即用知县。
王伸汉的长随包祥，是陷害李毓昌的罪魁祸首之一，而且以下犯上，最终酿成巨案，按照“谋杀加功”律例，被判以刑挟一次，再行斩首。李毓昌的长随李祥、顾祥、马连升，谋害主子，属于穷凶极恶，按照“雇工人谋杀家长、照子孙谋杀祖父母者，皆凌迟处死”律例，将顾祥、马连升各重责四十板再行凌迟处死。而李祥又是谋害主子的元凶，必须从重惩处。嘉庆命令刑部派一名司官，把李祥押赴山东即墨，在李毓昌墓前刑挟一次，再凌迟处死，摘心致祭。
仵作李标，在王毂施压下，故意检验不实，被判以杖一百，流放三千里。李标当时已经超过七十岁了，还是不能拿钱恕罪。此外，案子查办过程中还发现林永升的家人薛元，收受了王伸汉的贿银一百两，被判处杖六十，徒刑一年。
王伸汉是此案的主犯。嘉庆皇帝说，王伸汉贪污两万多两救灾款，又谋杀李毓昌，已经法无可恕，“贪渎残忍，莫此为甚”，着立即斩首。贪污款项，除查没家产外，还勒令王家的亲属赔偿。这样嘉庆皇帝依然不解气，还要株连王伸汉的儿子。王伸汉有四个儿子，大儿子才十二岁，最小的儿子刚出生不久。嘉庆皇帝命令将王伸汉的几个儿子先关押起来，等成年后发配新疆。王伸汉的两个儿子，就死在流放地。而他的遗孀日后孤苦无依，还要缴纳罚金。应该说王家家破人亡，还日日遭受官府的追缴，是罪有应得。
嘉庆皇帝对有罪人员的处置，应该说是很严厉、很到位的。他没有把处罚局限在一个小范围内，而是充分追究“连带责任”，处理了一大批人。“连带责任”是清朝行政法的一大特征。比如，某个官员被查明贪污腐败，那么保举他、委任他的上司也要受到处罚。谁让你用人不当呢？还有一种情况是，官员的亲属也要负连带责任。比如，某个贪官贪污了巨款，但是查抄他府邸的时候，发现他的现有财产抵不上他贪污的数额，那么，这个贪官的亲属有责任赔偿剩下的财产。立法者假定亲属都沾了贪官的光，获了利。连带责任的立法本意，是让官员谨言慎行，约束亲属和身边的人。
对于案子的受害者，清正廉洁的李毓昌，嘉庆也不吝奖励。嘉庆皇帝下旨追封李毓昌知府衔，按照知府例赐恤；按四品官例给予全葬银二百两，一次致祭银十二两，并把李毓昌的事迹宣付史臣，列入循吏传。现在我们能在《清史稿》中看到李毓昌的传记，就拜此所赐。嘉庆赏为李毓昌申冤的李泰清为武举人。李毓昌死时没有子嗣，嘉庆恩准将其侄李希佐入继为嗣，并加恩赏给举人功名。山东地方府、道官员捐资一千两，作为李毓昌遗孀林氏和嗣子李希佐日后的生活所需。
嘉庆皇帝接下来的举动，充分说明了他把李毓昌树立为典型的决心是多么地大。嘉庆亲自为李毓昌创作了《悯忠诗》五排三十韵，并捐资一千余两，命令地方官员在李毓昌墓前修建悯忠诗碑楼，作为褒奖。嘉庆皇帝让其叔父、成亲王抄写自己的诗句，镌刻在石碑上。能够死后得到皇帝亲自嘉奖的官员并不多，至于知县级别的七品官更是少之又少，李毓昌却因为清正廉洁得到了皇帝如此厚重的嘉奖。李毓昌所受的恩遇，可谓是“旷古未有的恩典”。
《悯忠诗》透露出了嘉庆皇帝的吏治思想，他写道：“君以民为本，宅中抚万方。分劳资守牧，佐治倚贤良。”嘉庆皇帝承认老百姓的重要性，但他对老百姓的姿态还是居高临下的，认为百姓是需要治理抚恤的。因为皇帝个人精力有限，所以不得不任用官员治理百姓，而治理的成效，则依赖于官员是否“贤良”。嘉庆皇帝看到当时“国恩未周遍，吏习益荒唐。见利即昏智，图财岂顾殃”，他承认吏治腐败，官员们见利忘义，图财枉法，思想观念、工作作风都是有问题的。嘉庆的对策是：“瘅恶法应饬，旌贤善表彰。除残警邪慝，示准作臣纲。”他一方面严厉惩处腐败行为和腐败分子，警醒官吏；另一方面表彰清廉守法的典型，向天下推广李毓昌就是这么一个被嘉庆皇帝看中的廉吏，被推出来作为全国官员的表率。
嘉庆皇帝对李毓昌案的处理，体现出了他的吏治思想，也暴露了他的不足。嘉庆承认当时的吏治腐败是严重的政治问题，关系重大。他反复强调，无奈始终不能扭转官场腐败的恶习。他说：“朕虽再三告诫，舌弊唇焦，奈诸臣未能领会，悠忽为政。”嘉庆把腐败的原因归结为官员不能领会自己的意思，是官员群体出现了问题。嘉庆帝无法超越君主专制政治的局限，拿不出任何行之有效的反腐败办法。他没有意识到，当时的官吏腐败是普遍存在的系统性问题。比如，李毓昌案的背景是清朝官场由来已久的救灾冒赈、上下欺瞒的老问题。同一时期，直隶、天津一带受灾，朝廷下发救灾银，宝坻知县单幅昌、东路同知归恩燕、定兴知县顾淮，侵吞救灾银。其中，宝坻县的救灾银下发了四万多两，单幅昌就侵吞了两万多两，超过了一半，可谓罪大恶极。冒赈是一个频发事件。
但是，嘉庆只是重点查办李毓昌案中杀人部分的案情，对于救灾事务的整顿，只是笼统地重申“国家办赈章程，良法具在”，今后办理赈务“如前一律办理”。他还是认为清朝的规章制度是没有问题的，只要官吏们能够严格遵守，尽心尽力做好，就能杜绝腐败。为此，嘉庆帝“笔随泪洒”地通谕官员：“诸臣若愿为大清国之忠良，则当赤心为国，竭力尽心……若自甘卑鄙，则当挂冠致仕，了此一身，切勿尸禄保位，益增朕罪。”我们不怀疑嘉庆皇帝在写作上述话语的时候是真诚恳切的。但是，他不知道，即使官员们的思想境界再高，作风再清正廉洁，如果没有一套好的规章制度，官员们是无法长期保持高尚的境界和清廉的作风的。这就好像是一台电脑，官员就好比是电脑的硬件，而制度就是电脑的软件。一台电脑只有好的硬件，却没有先进的软件，终究免不了被淘汰的命运。清朝的吏治腐败，并没有因为嘉庆皇帝的严厉和苦口婆心的劝导而有所好转。相反，清朝政治越来越腐败，最后把清朝拖入了颠覆的深渊。