尸检是由约翰·E·梅尔医生进行的。他是病理学家，兼任波尔德市的验尸官。12月26日下午六点左右，梅尔被叫到拉姆齐家进行简短的检查，正式宣布琼贝妮特已经死亡。在这个十分钟的检查中，他注意到尸体右手手腕旁边有一条绳子，当尸体被翻转过来时，脖子上有另一条绳子，绷得非常紧，在皮肤里留下了一道深沟。这是一个在背后系成的绞环，绞环被系到四英寸长的断棍子上面，棍子是用来收紧绞环的。琼贝妮特戴着一条坠着十字架的金项链，它同绳子缠绕在一起。在右耳边的脸颊上有一小块擦伤或者是撞伤的伤痕，在脖子左侧面有一块已经凝结的很明显的擦伤。那截断棍子实际上是帕特茜放在地下室画具箱里面的一支画笔的柄。画具箱正好位于酒窖门外，这意味着它是杀人犯会首先注意到的可以拿到手的工具。

琼贝妮特穿着长睡衣裤，里面穿的是印花内裤，它们都被尿湿了。在她内裤的胯部有一块像血一样的红色。当时人们认为在她的内裤或者腿上找到了精液残留，但这后来被证明是错误的。

真正的解剖是在位于波尔德市社区医院地下室的验尸官解剖室进行的。除了在房间里观察到的以外，梅尔还注意到尸体眼睑上有非常小的瘀斑血点，在脖子周围绳子压出的深沟两侧也有出血现象。

在阴道入口附近发现了干掉的血迹，还有血胀和充血的血管，这表明阴道周围和里面的组织可能会有损伤。处女膜已经破裂，阴道壁上可以看到擦伤。指甲被剪下来进行实验室分析。梅尔的报告说在两肺的表面和心脏前表面都发现了间或出现的瘀斑出血。

当把头皮剪开向后拉的时候，梅尔看到右侧有一块非常大的出血区域——大概有7英寸×4英寸。下面是一个更大的颅骨骨折，裂缝大概有8.5英寸长。蛛网膜下出血薄层（也就是覆盖大脑的细胞膜下面的出血）覆盖了整个右半脑。再往下，大脑内的灰质层上也有瘀伤。

小肠里有处于半消化状态的水果，梅尔相信是菠萝。这个细节在侦查中很重要，因为约翰和帕特茜都记得琼贝妮特在离开怀特家以后没有吃任何东西。实际上，她在汽车里就睡着了，约翰把她抱上楼和帕特茜为她铺床时她都没有醒。但是菠萝在肠道中的消化状态表明是当天白天或者当晚吃的，并且帕特茜家的厨房里有一碗切好的菠萝。在这个碗上找到了帕特茜和伯克的指纹，但是没有找到琼贝妮特的指纹。警察局认为这是帕特茜说法里前后不一致的地方之一。帕特茜和约翰说他们对这个发现也很疑惑，并且他们没办法解释。我想真正的罪犯在这个时候是会编造出一些解释的。

事实很清楚，琼贝妮特是被做成绞环的绳子勒死的，她的头部右侧受了重钝器伤。尽管还不能确定哪一个伤害发生在前，但是任何一个都足以杀死她。眼睑内侧和其他部位的瘀血，还有头部的伤口没有出很多血，这表明窒息首先发生，所以当头部受伤时心脏已经不再跳动，或者跳动得非常微弱。

官方认定的死因是勒死窒息加颅脑伤。